Trybunał Konstytucyjny zważył, co następuje:
1. Zgodnie z art. 79 ust. 1 Konstytucji, każdy, czyje konstytucyjne wolności lub prawa zostały naruszone, ma prawo na zasadach
określonych w ustawie wnieść skargę konstytucyjną w sprawie zgodności z Konstytucją ustawy lub innego aktu normatywnego, na
podstawie którego sąd lub organ administracji publicznej orzekł ostatecznie o jego wolnościach lub prawach albo o jego obowiązkach
określonych w Konstytucji. Zarówno w świetle powyższego unormowania, jak i – precyzujących zasady korzystania ze skargi –
przepisów ustawy z dnia 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym (Dz. U. Nr 102, poz. 643, ze zm.; dalej: ustawa o TK)
jednoznaczne jest, że skarżący musi wskazać akt zastosowania kwestionowanych przepisów, który doprowadził do naruszenia jego
praw podmiotowych określonych w Konstytucji. Choć zatem przedmiotem kontroli dokonywanej przez Trybunał Konstytucyjny nie
jest samo ostateczne orzeczenie, o którym mowa w art. 79 ust. 1 Konstytucji, to jednak uprzednie zastosowanie unormowań stanowiących
przedmiot wnoszonej skargi, skutkujące takim właśnie naruszeniem, jest warunkiem koniecznym dopuszczalności korzystania ze
skargi konstytucyjnej. Zarówno w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi, jak i w opracowaniach doktrynalnych
podkreślano przy tym, iż owo naruszenie winno mieć względem skarżącego charakter osobisty, aktualny i bezpośredni, zaś jego
źródła upatrywać należy nie w samym akcie stosowania kwestionowanych przepisów, ale w ich treści normatywnej. Obowiązkiem
skarżącego, jest w związku z tym wskazanie, jakie konstytucyjne wolności lub prawa i w jaki sposób – jego zdaniem – zostały
naruszone. Nie ulega przy tym wątpliwości, że naruszenie to należy ściśle wiązać właśnie z ostatecznym orzeczeniem wydanym
w sprawie, w związku z którą sformułowana została skarga konstytucyjna. Zarzuty skargi nie mogą być przy tym oczywiście bezzasadne.
2. W ocenie wnoszącej skargę konstytucyjną, art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 2004 r. jest niezgodny z art. 64 ust. 1 i
3 w związku z art. 21 ust. 1, art. 31 ust. 3, art. 20 w związku z art. 22, art. 2 i art. 9 Konstytucji.
Zdaniem skarżącej, kwestionowana regulacja jest niezgodna z wyżej wymienionymi przepisami Konstytucji w zakresie, w jakim
pozbawia podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego od nabywanych przez niego paliw silnikowych, oleju napędowego
oraz gazu, wykorzystywanych do napędu samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych, o których mowa w art. 86 ust.
3 ustawy o VAT z 2004 r.
2.1. Trybunał Konstytucyjny stwierdza, że po stronie skarżącej nie powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego, a zarzut,
że kwestionowana regulacja pozbawia ją prawa do obniżenia kwoty podatku należnego od nabywanych paliw silnikowych, oleju napędowego
oraz gazu, wykorzystywanych do napędu samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych, o których mowa w art. 86 ust.
3 ustawy o VAT z 2004 r., jest oczywiście bezzasadny.
2.2. Trybunał Konstytucyjny ustalił, że niniejsza skarga dotyczy uprawnienia do odliczenia podatku od towarów i usług naliczonego
przy zakupie paliwa do samochodów innych niż ciężarowe za okresy od maja do grudnia 2004 r. Do 30 kwietnia 2004 r. obowiązywał
bowiem art. 25 ust. 1 pkt 3a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U.
Nr 11, poz. 50, ze zm.; dalej: ustawa o VAT z 1993 r.), w myśl którego obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego
nie stosuje się do nabywanych przez podatnika paliw silnikowych benzynowych, oleju napędowego oraz gazu wykorzystywanych do
napędu samochodów osobowych lub innych samochodów o dopuszczalnej ładowności do 500 kg. Obowiązujący od 1 maja 2004 r. do
21 sierpnia 2005 r. kwestionowany art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 2004 r., który zastąpił art. 25 ust. 1 pkt 3a ustawy
o VAT z 1993 r., stanowił, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika
paliw silnikowych, oleju napędowego oraz gazu, wykorzystywanych do napędu samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych,
o których mowa w art. 86 ust. 3 i 5 tej ustawy. Natomiast w art. 86 ust. 3 ustawy o VAT z 2004 r. postanowiono, że w przypadku
nabycia samochodów osobowych oraz innych pojazdów samochodowych o dopuszczalnej ładowności mniejszej niż określona według
wzoru: DŁ = 357 kg + n x 68 kg – (gdzie DŁ oznacza dopuszczalną ładowność, n oznacza ilość miejsc łącznie z miejscem dla kierowcy)
– kwotę podatku naliczonego stanowi 50% kwoty podatku określonej w fakturze lub kwoty podatku należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego
nabycia towarów, lub kwoty podatku należnego od dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, nie więcej jednak
niż 5000 zł.
2.3. Odwołując się do wyroku ETS z 22 grudnia 2008 r. w sprawie C 414/07, skarżąca uważa, że art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o
VAT z 2004 r. ograniczył (w przeciwieństwie do art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 1993 r.) w istotny sposób zakres uprawnień
podatników związanych z wykorzystywaniem w działalności gospodarczej samochodów ciężarowych o dopuszczalnej ładowności równej
lub wyższej niż 500 kg. W przekonaniu skarżącej, klauzula stałości upoważnia do całkowitego pominięcia zastosowania art. 88
ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 2004 r., gdyż jest on niezgodny z Szóstą Dyrektywą Rady z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji
przepisów Państw Członkowskich dotyczących podatków obrotowych – wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona
podstawa wymiaru podatku (77/388/EEC; dalej: Szósta Dyrektywa).
2.4. Trybunał Konstytucyjny po analizie akt sprawy – w oparciu o załączone do skargi orzeczenia – stwierdza, że w kontekście
wyroku ETS z 22 grudnia 2008 r., kwestionowany art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 2004 r. może być stosowany w takim zakresie,
w jakim – wskutek jego wprowadzenia – sytuacja podatnika nie uległa pogorszeniu (por. wyrok WSA w Łodzi z 25 marca 2009 r.,
sygn. akt I SA/Łd 277/09; wyrok WSA w Gliwicach z 27 kwietnia 2009 r., sygn. akt III SA/GI 146/09; wyrok WSA w Bydgoszczy
z 17 lutego 2009 r., sygn. akt I SA/Bd 22/09). Ponadto, Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 28 lipca 2011 r. (sygn. akt
I FSK 1147/10) wskazał, że nie można interpretować wprowadzenia nowej ustawy o VAT z 2004 r. oraz jej późniejszych nowelizacji
jako generalnego złamania klauzuli stałości, o której mowa w Szóstej Dyrektywie.
W związku z powyższym, Trybunał Konstytucyjny zauważa, że prawo do odliczenia podatku od towarów i usług z tytułu nabycia
paliwa wykorzystywanego do napędu pojazdów samochodowych przysługuje w przypadku, gdy przepisy ustawy o VAT z 2004 r. uniemożliwiały
odliczenie podatku, a przepisy ustawy o VAT z 1993 r. dawały prawo do takiego odliczenia. Ponadto, wyżej określone zasady
dotyczyły pojazdów samochodowych, w odniesieniu do których na podstawie homologacji producenta lub importera dla danego typu
pojazdu samochodowego bezspornie wynikało, że nie jest to samochód osobowy i dopuszczalna ładowność tego pojazdu przekracza
500 kg.
2.5. Przenosząc powyższe rozważania na grunt niniejszej sprawy, należy zauważyć, że skarżąca w korektach deklaracji uwzględniła
podatek od towarów i usług związany z nabyciem paliw do samochodów osobowych. Na fakturach dotyczących zakupu paliwa nie podała
jednak numeru rejestracyjnego albo wpisała numery pojazdów, których nie wymieniła w zestawieniu samochodów użytkowanych przez
spółkę, tłumacząc, że były to samochody zastępcze, do których nie posiadała dokumentacji, tj. świadectw homologacji, i należy
je traktować jako osobowe. W tym stanie rzeczy, organy podatkowe, a następnie sądy administracyjne, uznały, że wnoszącej skargę
konstytucyjną nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego przy zakupie paliwa, które było przeznaczone do samochodów
osobowych. Skarżąca, odliczając paliwo do samochodów osobowych, zawyżyła więc kwotę podatku naliczonego wykazanego w korektach
deklaracji VAT-7.
2.6. Trybunał Konstytucyjny podtrzymuje stanowisko wyrażone w wyroku z 5 listopada 2008 r., (SK 79/06, OTK ZU nr 9/A/2008,
poz. 153), że prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego „o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług
związanych ze sprzedażą opodatkowaną”, odnosi się do sytuacji, w których spełnione zostały prawne przesłanki rzeczywistego,
a nie pozorowanego „nabycia towarów i usług” w warunkach realnego zaistnienia „sprzedaży opodatkowanej”. Przesłanki takie
mogły zostać spełnione tylko wówczas i tylko pod warunkiem, że nastąpiło prawnie skuteczne „nabycie towarów” lub „nabycie
usług” (bądź też zaistnienie transakcji określonych w art. 2 ust. 1 i 3 ustawy o VAT) również gdy nabycie to nastąpiło w związku
ze „sprzedażą opodatkowaną” (podatkiem od towarów i usług). Podatnik zarejestrowany, nieobjęty zwolnieniem podatkowym, realnie
nabywający towary lub usługi, ma prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony (zob. A. Bącal, Wybrane problemy funkcjonowania zasady potrącalności w podatku od towarów i usług, [w:] Podatek od towarów i usług. Studia, red. B. Brzeziński, Rzeszów 2003, s. 10; por. też: T. Michalik, VAT – rok 2002, Warszawa 2002, s. 9-10).
Trybunał zauważa również niepoprawność rozumowania skarżącej w odniesieniu do charakteru prawnego „prawa do odliczenia”, stanowiącego
element konstrukcyjny podatku od towarów i usług. Przede wszystkim przypomnieć należy formułowany już w orzecznictwie Trybunału
Konstytucyjnego (zob. wyrok TK z 11 grudnia 2001 r., SK 16/00, OTK ZU nr 8/2001, poz. 257) pogląd o braku konstytucyjnych
podstaw do nadawania temu „prawu” rangi podstawowej (konstytucyjnego prawa podmiotowego). Prawo do odliczenia podatku naliczonego
od podatku należnego jest istotnym elementem konstrukcyjnym przedmiotu i podstawy podatku, charakteryzującym podatek od towarów
i usług. Podatek naliczony nie jest jednak ostatecznym określeniem wysokości daniny należnej od podatnika, ale tylko istotnym
elementem konstrukcyjnym, wyjściowym dla obliczenia wysokości jego podatku.
Okoliczności powyższe na podstawie art. 36 ust. 3 w związku z art. 49 ustawy o TK, stanowią podstawę odmowy nadania dalszego
biegu skardze konstytucyjnej.
3. Odmowa nadania dalszego biegu skardze konstytucyjnej zasadna jest także z powodu uchybień dotyczących jej podstawy.
3.1. Trybunał podkreśla, że skarga konstytucyjna służy tylko ochronie konstytucyjnych praw i wolności skarżącego. Wzorcem
kontroli skargi konstytucyjnej mogą być zatem jedynie te postanowienia Konstytucji, które statuują wolności lub prawa i przez
to są podstawą normy prawnej adresowanej do obywatela, kształtującej jego sytuację prawną i dającej mu możność wyboru zachowania
się. Nie mogą stanowić wzorca kontroli konstytucyjności w postępowaniu zainicjowanym skargą konstytucyjną normy ogólne, określające
zasady ustrojowe, normy adresowane do ustawodawcy, narzucające mu pewien sposób regulowania określonych dziedzin życia (zob.
postanowienie z 26 czerwca 2002 r., SK 1/02, OTK ZU nr 4/A/2002, poz. 53).
Zważywszy, że z art. 2 oraz art. 9 Konstytucji nie wynikają dla skarżącej żadne prawa podmiotowe, nie mogą one – w świetle
powyższego – stanowić wzorców kontroli w postępowaniu skargowym. Wyrażona w art. 2 Konstytucji zasada państwa prawnego nie
tworzy po stronie obywateli praw podmiotowych ani wolności. Trybunał dopuszcza wprawdzie, że zasada ta może stanowić źródło
praw i wolności, jednakże dopiero wówczas, gdy nie są one ujęte wprost w innych przepisach Konstytucji, a ze względu na zasadę
skargowości (art. 66 ustawy o TK) obowiązkiem skarżącego jest ich wskazanie oraz uzasadnienie stosownie do art. 47 ust. 1
pkt 1-3 ustawy o TK (zob. postanowienie pełnego składu TK z 23 stycznia 2002 r., Ts 105/00, OTK ZU nr 1/B/2002, poz. 60).
Wskazany art. 9 Konstytucji również nie może stanowić wzorca kontroli w postępowaniu skargowym. Stanowi on o przestrzeganiu
przez Rzeczpospolitą Polską prawa międzynarodowego, a zatem odnosi się do zasady ustrojowej i sposobu funkcjonowania organów
państwa (zob. wyrok z 13 stycznia 2004 r., SK 10/03, OTK ZU nr 1/A/2004, poz. 2).
3.2. Także w odniesieniu do art. 31 ust. 3, art. 20 i art. 22 Konstytucji należy wskazać, że skarga nie spełnia ustawowych
przesłanek jej dopuszczalności, ponieważ nie zawiera dokładnego określenia sposobu naruszenia praw konstytucyjnych (art. 47
ust. 1 pkt 2 ustawy o TK).
Ponadto, jak wskazano w wyroku Trybunału z 29 kwietnia 2003 r. (SK 24/02, OTK ZU nr 4/A/2003, poz. 33) „użycie w art. 20 i
art. 22 Konstytucji zwrotu »wolność działalności gospodarczej« świadczy wyraźnie o tym, że przepisy te można uważać także
za podstawę prawa podmiotowego o randze konstytucyjnej, a nie tylko i wyłącznie za normę prawa w znaczeniu przedmiotowym i
zasadę ustroju państwa. Wolność działalności gospodarczej – choć niewątpliwie ma charakter szczególny, inny niż wolności i
prawa wskazane w rozdziale II Konstytucji – może stanowić podstawę uprawnień jednostek wobec państwa i organów władzy publicznej,
które winny i mogą być chronione w trybie skargi konstytucyjnej”. Skoro powołany art. 22 Konstytucji wyznacza warunki ograniczeń
swobody działalności gospodarczej, na skarżącym ciążył obowiązek precyzyjnego określenia, z którym z elementów normy konstytucyjnej
przepis ustawowy pozostaje w sprzeczności. Takiego uzasadnienia skarga nie zawiera, a Trybunał Konstytucyjny braku tego nie
może usunąć samodzielnie, gdyż jest związany zasadą skargowości (art. 66 ustawy o TK). Nie można uznać, że obowiązek ten został
wypełniony przez stwierdzenie, że „art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT skutkował wprowadzeniem podatników w błąd co do zakresu
ich uprawnień związanych z wykorzystywaniem samochodów w działalności gospodarczej. Wprowadzenie podatnika w błąd co do zakresu
prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT w związku z wykorzystywaniem samochodu w działalności gospodarczej jest związane
z naruszeniem zasady swobody działalności gospodarczej”. Za pozbawione podstaw uznać bowiem należy łączenie obowiązku podatkowego
z ograniczaniem wolności działalności gospodarczej. Przesłanki dopuszczalnego ograniczania wolności wyrażonej w art. 22 Konstytucji
odnosić trzeba do działań jej adresatów związanych z samym podejmowaniem określonego rodzaju działalności, nie zaś do konkretnych
warunków (także finansowych) jej prowadzenia. Trudno więc upatrywać w regulacji podatkowej związanej z danym rodzajem aktywności
gospodarczej prawną przyczynę niedozwolonego ograniczenia wolności, o której mowa w art. 22 Konstytucji. Niemniej jednak,
rolą przepisów podatkowych nie jest minimalizowanie ryzyka prowadzenia działalności gospodarczej. Ryzyko to, zawsze musi ponieść
podatnik, który podejmując decyzję, powinien brać pod uwagę ograniczenia wynikające dla niego z postanowień prawa podatkowego
(por. wyrok TK z 13 października 2008 r., K 16/07, OTK ZU nr 8/A/2008, poz. 136).
3.3. Nie ulega wątpliwości, że prawo własności i inne prawa majątkowe chroni art. 64 Konstytucji; art. 21 ust. 1 Konstytucji
określa zaś odpowiadającą mu zasadę ustrojową. Trybunał podkreślał jednak wielokrotnie, że nie zasługuje na aprobatę argument
(wyrażony także w niniejszej skardze konstytucyjnej) utożsamiający naruszenie art. 64 Konstytucji z koniecznością uiszczenia
podatku i doznanym w ten sposób uszczerbkiem majątkowym. W tym zakresie Trybunał Konstytucyjny zwracał już uwagę na bezpodstawność
stanowiska, zgodnie z którym każde ograniczenie majątkowe spowodowane nałożeniem podatku lub innej daniny publicznej jest
zawsze niedopuszczalnym ograniczeniem własności. Podkreślano w związku z tym, że mogłoby ono prowadzić do fałszywego wniosku,
że każda niekorzystna zmiana w sytuacji majątkowej obywatela stanowi ograniczenie jego własności. Tak daleko idąca (absolutna)
ochrona własności i innych praw majątkowych nie znajduje uzasadnienia w świetle przepisów Konstytucji (por. też wyrok z 5
listopada 2008 r., SK 79/06, OTK ZU nr 9/A/2008, poz.153).
3.4. Biorąc pod uwagę powyższe okoliczności, Trybunał Konstytucyjny stwierdza, że skarżąca nie wykonała obowiązku wynikającego
z art. 47 ust. 1 pkt 2 i 3 ustawy o TK, co przemawia za odmową nadania dalszego biegu skardze konstytucyjnej w zakresie niezgodności
kwestionowanej regulacji z art. 64 ust. 1 i 3 w związku z art. 21 ust. 1 oraz art. 31 ust. 3, art. 20 w związku z art. 22,
art. 2 i art. 9 Konstytucji na podstawie art. 39 ust. 1 pkt 1 in fine oraz art. 36 ust. 3 w związku z art. 49 ustawy o TK, ze względu na niedopuszczalność orzekania.
W tym stanie rzeczy Trybunał Konstytucyjny postanowił jak w sentencji.